Κεντρικό σημείο αντιπαράθεσης αποτέλεσε η απόφαση της FIFA να αναστείλει την εφαρμογή της αυτόματης ποινής αποκλεισμού μίας αγωνιστικής για τον Αμερικανό επιθετικό Φολαρίν Μπάλογκαν, μετά την αποβολή του με κόκκινη κάρτα.
Η υπόθεση εξελίχθηκε σε μία από τις μεγαλύτερες αντιπαραθέσεις του τουρνουά, προκαλώντας την έντονη αντίδραση της UEFA, η οποία υποστήριξε ότι η FIFA «ξεπέρασε την κόκκινη γραμμή».
Ένας ακόμη λόγος για την απουσία του Τσέφεριν ήταν η υπόθεση του Σομαλού διαιτητή Ομάρ Αμπντουλκαντίρ Αρτάν, ο οποίος δεν κατάφερε να συμμετάσχει στο Παγκόσμιο Κύπελλο καθώς δεν του επετράπη η είσοδος στις ΗΠΑ.
Ο Αρτάν ορίστηκε στη συνέχεια να διευθύνει τον αγώνα για το UEFA Super Cup ανάμεσα στην Παρί Σεν Ζερμέν και την Άστον Βίλα τον Αύγουστο.
Παράλληλα, Ευρωπαίοι αξιωματούχοι εξέφρασαν προβληματισμούς για τον γεωπολιτικό χειρισμό αγώνων στους οποίους συμμετείχε το Ιράν, αλλά και για ορισμένες οργανωτικές αλλαγές που εφαρμόστηκαν στη διοργάνωση.
Μεταξύ αυτών ήταν η καθιέρωση υποχρεωτικών διαλειμμάτων για ενυδάτωση, καθώς και η παράταση της διάρκειας του ημιχρόνου στον τελικό, μέτρα που εισήγαγε η FIFA στο συγκεκριμένο Παγκόσμιο Κύπελλο.
