Γεννημένος στις 13 Οκτωβρίου 1967 στην Κούβα, είναι από τις περιπτώσεις που λες από μικρός φαινόταν. Ο Χαβιέρ Σοτομαγιόρ αντιλήφθηκε από νωρίς την κλίση του στον αθλητισμό. Πώς μπορεί να χαρακτηρίσει άλλωστε κανείς το γεγονός ότι σε ηλικία 15 ετών πηδούσε ήδη πάνω δύο μέτρα ύψος. Σε ηλικία 16 ετών, το 1984, έσπασε το Παγκόσμιο ρεκόρ παίδων υπερπηδώντας τα 2 μέτρα και 33 εκατοστά σε μίτινγκ που έγινε στην Άβανα.
Την ίδια χρονιά θα μπορούσε να πάρει μέρος στους Ολυμπιακούς αγώνες του Λος Άντζελες, όμως το μποϊκοτάζ της Κούβας (όπως και όλων των κομμουνιστικών καθεστώτων) δεν του δίνει την ευκαιρία. Τέσσερα χρόνια αργότερα, το 1988 σπάει το πρώτο του Παγκόσμιο ρεκόρ σε επίπεδο ανδρών, όταν σημειώνει 2.43 μέτρα σε μίτινγκ στην Σαλαμάνκα, λίγες μέρες πριν τους Ολυμπιακούς αγώνες της Σεούλ, από τους οποίους απείχε πάλι λόγω του μποϊκοτάζ.
Το 1989 καταρρίπτει το Παγκόσμιο ρεκόρ στον κλειστό στίβο, πηδώντας τα 2.43 μέτρα, επίδοση που παραμένει μέχρι και σήμερα. Παράλληλα βελτιώνει κατά ένα εκατοστό το δικό του Παγκόσμιο ρεκόρ και με το 2.44 γίνεται ο πρώτος και μοναδικός μέχρι στιγμής άνθρωπος που πηδάει πάνω από τα οκτώ πόδια ύψος. Το 2.44 είναι και το ύψος του οριζόντιου δοκαριού ποδοσφαίρου από το έδαφος!
Το 1992 λαμβάνει για πρώτη φορά μέρος στους Ολυμπιακούς αγώνες της Βαρκελώνης. Ο ανταγωνισμός είναι τρομερός με πέντε συνολικά αθλητές να μάχονται για τα μετάλλια. Ο Κουβανός αθλητής κατακτά το χρυσό μετάλλιο, όντας ο μοναδικός που πέρασε τα 2.37 μέτρα. Είχε τρεις αποτυχημένες προσπάθειες ακόμη στα 2.39 μέτρα.
Το καλοκαίρι του 1993, πάλι στην Σαλαμάνκα, κάνει ένα από πλέον μυθικά άλματα στην ιστορία του στίβου. Όντας σε εξαιρετική κατάσταση πηδάει πάνω από το πήχη ύψους 2.45 μέτρων. Χρειάστηκε μόλις πέντε άλματα σε αυτόν τον αγώνα. Το 1996 στους Ολυμπιακούς αγώνες της Ατλάντα παρουσιάζεται σε κάκιστη κατάσταση και μένει στην ενδέκατη θέση με άλμα μόλις στα 2.29 μέτρα. Πήρε την εκδίκησή του με το χρυσό μετάλλιο στο Παγκόσμιο πρωτάθλημα της Αθήνας με άλμα στα 2.37 μέτρα.
Το 1999 μετά τη νίκη του στους Παναμερικανικούς αγώνες ανακοινώνεται ότι βρέθηκε θετικός σε χρήση χασίς. Ο Σοτομαγιόρ τότε ήταν στο απόγειο της λάμψης του, ενώ στην Κούβα ήταν κάτι σαν εθνικός ήρωας. Ο επικεφαλής αθλιατρικής, της ομάδας της Κούβας, Μάριο Γκράντα έσπευσε να τον υπερασπιστεί αναφέροντας ότι «είχε περάσει περισσότερα από 60 ελέγχους» ενώ έκανε λόγο για σαμποτάζ σε βάρος του. Ακόμη και ο Φιντέλ Κάστρο, ανέφερε ότι η Κουβανοαμερικάνικη μαφία είχε βάλει το χεράκι της σε αυτή την ιστορία.
Ο άλτης τιμωρείται με διετή αποκλεισμός από τους αγωνιστικούς χώρους, όμως η κουβανική ομοσπονδία επικαλούμενη τον κανονισμό της IAAF για «εξαιρετικές περιστάσεις» πετυχαίνει και μειώνει την τιμωρία του Σοτομαγιόρ στον έναν χρόνο. Έτσι ο 32χρονος τότε αθλητής θα μπορέσει να λάβει μέρος στους Ολυμπιακούς αγώνες του Σίδνεϊ. Ο Κουβανός αθλητής κατακτά το ασημένιο μετάλλιο με άλμα στα 2.37 μέτρα (πρώτος ο Σεργκέι Κλούγκιν) με τον Στέφαν Χολτ που τερμάτισε στην τέταρτη θέση να κάνει παράπονα για τη μείωση της ποινής του.
Το 2001 ανακοινώνει την αποχώρησή του από τους στίβους στα 34 του χρόνια. Το Σεπτέμβριο της ίδιας χρονιάς έχοντας περάσει από έλεγχο ντόπινγκ βρίσκεται θετικός στην ουσία ναδρολόνη που θεωρείται ένα πολύ σκληρό αναβολικό. Ο ίδιος φυσικά αρνείται το συγκεκριμένο σενάριο δηλώνοντας ότι αποχώρησε λόγω ενός τραυματισμού.
Όπως και να έχει 14 ολόκληρα χρόνια, μετά την αποχώρησή του, πολύ λίγοι είναι οι αθλητές που έχουν καταφέρει να φτάσουν τις επιδόσεις του. Φυσικά κατέχει ακόμη τα Παγκόσμια ρεκόρ τόσο στον ανοιχτό όσο και στον κλειστό στίβο ενώ αξίζει να σημειώθει ότι στα 25 κορυφαία άλματα όλων των εποχών τα 17 είναι δικά του. Στα αξιοσημείωτα είναι επίσης ότι πέρασε το ύψος των 2 μέτρων και 30 εκατοστών σε περισσότερους από 200 αγώνες που συμμετείχε. Από τη νέα γενιά αυτό που φαίνεται ότι έχει τα φόντα να τον εκθρονίσει δεν είναι άλλος από τον αθλητή από το Κατάρ Μουτάζ Εσά Μπαρσίμ, που σημείωσε την δεύτερη κορυφαία επίδοσή όλων των εποχών με 2.43 μέτρα στο Diamond League των Βρυξελλών.
Οι επιδόσεις του στα μεγάλα αθλητικά ραντεβού
Ολυμπιακοί Αγώνες
1992 (Βαρκελώνη): Χρυσό μετάλλιο (2.34)
1996 (Ατλάντα): 11ος (2.29)
2000 (Σίδνεϊ): Ασημένιο μετάλλιο (2.32)
Παγκόσμια Πρωταθλήματα ανοιχτού στίβου
1987 (Ρώμη): 9ος (2.29)
1989 (Βουδαπέστη): Χρυσό μετάλλιο (2.43)
1991 (Τόκιο): Ασημένιο μετάλλιο (2.36)
1993 (Στουτγκάρδη): Χρυσό μετάλλιο (2.40)
1995 (Γκέτεμποργκ): Ασημένιο μετάλλιο (2.37)
1997 (Αθήνα): Χρυσό μετάλλιο (2.37)
Παγκόσμια Πρωταθλήματα Κλειστού
1985 (Παρίσι): Ασημένιο μετάλλιο (2.30)
1987 (Ινδιανάπολη): 4ος (2.32)
1989 (Βουδαπέστη): Χρυσό μετάλλιο (2.43)
1991 (Σεβίλλη): Χάλκινο μετάλλιο (2.31)
1993 (Τορόντο): Χρυσό μετάλλιο (2.41)
1995 (Βαρκελώνη): Χρυσό μετάλλιο (2.38)
1999 (Μαεμπάσι): Χρυσό μετάλλιο (2.36)
2001 (Λισαβόνα): 5ος (2.25)
