Η σχέση του Φρανσέσκο Τότι με τον Φράνκο Μπαλντίνι υπήρξε μία από τις πιο πολυσυζητημένες εσωτερικές υποθέσεις της Ρόμα. Ο θρύλος των «τζαλορόσι» θεώρησε ότι ο τότε παράγοντας της ομάδας διαδραμάτισε καταλυτικό ρόλο στο τέλος της ποδοσφαιρικής του καριέρας.
Οι αποκαλύψεις στην αυτοβιογραφίας του το 2018 (Un Capitano) προκάλεσαν την παραίτηση του Μπαλντίνι από την εκτελεστική επιτροπή της Ρόμα, γεγονός που άνοιξε έναν νέο κύκλο αντιπαράθεσης γύρω από το πώς και υπό ποιες συνθήκες αποχώρησε ο θρύλος της Ρόμα από την ενεργό δράση.
Ο παλαίμαχος σταρ της ιταλικής ομάδας, είχε δηλώσει πως θα προτιμούσε να ολοκληρώσει την καριέρα του με διαφορετικό τρόπο, αλλά επέμεινε πως δεν είχε πρόθεση να οδηγήσει σε παραίτηση του Φράνκο Μπαλντίνι από την εκτελεστική επιτροπή της Ρόμα λόγω σχολίων του.
Ένα από τα κεφάλαια του βιβλίου που προκάλεσε μεγαλύτερες αντιδράσεις αφορούσε την ολοκλήρωση της καριέρας του το καλοκαίρι του 2017.
Ο Τότι υπαινίχθηκε δίχως να κατονομάσει πως ο Μπαλντίνι ήταν εκείνος που τον ανάγκασε να αποσυρθεί και, ως αντίδραση σε αυτές τις δηλώσεις, ο πρώην σύμβουλος και γενικός διευθυντής των «Τζαλορόσι» ενημέρωσε τον πρόεδρο της Ρόμα, Τζέιμς Παλοτα, ότι θα αποχωρούσε από τον σύλλογο.
«Αυτά είναι λόγια του 'Capitano', δεν βλέπω πώς μπορώ να τα συζητήσω χωρίς να σπείρω έστω και μια αμφιβολία», είχε δηλώσει ο Μπαλντίνι με τον Τότι να σημειώνει από την πλευρά του:
«Δεν ήταν αυτό που ήλπιζα. Δεν το έκανα για να βγάλω κάτι από μέσα μου. Αντίθετα, ελπίζω να μην υπάρχει κανείς άλλος που να θυμώσει. Λυπάμαι, ποτέ δεν είχα σκοπό να προκαλέσω φασαρία. Θα προτιμούσα να είχα αποφασίσει πότε θα αποσυρθώ με το δικό μου μυαλό και το δικό μου σώμα. Αν το είχα κάνει, ίσως να ήταν ένα καλύτερο τέλος».
Στις 17 Ιουλίου 2017, ο Τότι ανακοίνωσε την απόσυρση του από την ενεργό δράση αποκαλύπτοντας ότι είχε αποδεχθεί πρόταση της πρώην ομάδας του να γίνει διοικητικός παράγοντας. Στις 18 Σεπτεμβρίου ξεκίνησε μαθήματα για να αποκτήσει το δίπλωμα προπονητή UEFA B, ωστόσο, δύο εβδομάδες αργότερα εγκατέλειψε την προσπάθεια του, καθώς δεν μπορούσε να ανταποκριθεί στα μαθήματα λόγω των υποχρεώσεών του στη Ρόμα. Έτσι τη θέση του πήρε ο πρώην συμπαίκτης του Σιμόνε Περότα.
Στις 17 Ιουνίου 2019, ο Τότι ανακοίνωσε την παραίτησή του από τη διοίκηση της ομάδας. Εκεί κατηγόρησε δημόσια τον πρόεδρο Τζέιμς Παλοτα και τη διοίκηση για το ότι δεν τον συμπεριλάμβαναν αρκετά στη λήψη αποφάσεων, τονίζοντας πως θα σκεφτόταν να επιστρέψει μόνο υπό διαφορετική ιδιοκτησία. Αυτό το γεγονός σήμανε το τέλος μιας τριακονταετούς σχέσης με τον σύλλογο.