Στις 29 Νοεμβρίου του 1908 πραγματοποιήθηκε η πρώτη γενική συνέλευση ενός αμιγώς ελληνικού αθλητικού σωματείου στη Θεσσαλονίκη, εκεί όπου γεννήθηκε ο Ηρακλής και έφτασε αισίως να σβήνει 113 κεράκια και να συνεχίζει ακάθεκτος το έργο του.
Η ιστορία του συλλόγου ξεκινάει το 1899 με τον όμιλο Φιλομούσων που ασχολήθηκε με τη φιλολογία, το θέατρο και τη μουσική. Στη συνέχεια ενέταξε στη δραστηριότητα του και τον αθλητισμό, αλλά κάποια στιγμή αντιμετώπισε οικονομικά προβλήματα και το αθλητικό κομμάτι του ομίλου, δημιούργησε νέο σωματείο, από το οποίο προέκυψε ο Ηρακλής.
Το τμήμα ποδοσφαίρου μαζί με το στίβο και την κολύμβηση ήταν τα πρώτα που δημιουργήθηκαν και ο σύλλογος στη συνέχεια αναπτύχθηκε, άνθισε και «γέννησε» αθλητές, πρωταθλητές και ολυμπιονίκες, αλλά και εθνικούς ήρωες, όπως τον Γεώργιο Ιβάνωφ και τον Γεώργιο Κατσάνη. Ο Ερασιτέχνης πέρασε δύσκολα τα τελευταία χρόνια, όμως το 2021 αποτελεί μια χρονιά σταθμό για το σύλλογο, καθώς από τον Φεβρουάριο που ψηφίστηκε τροπολογία από το Υπουργείο Οικονομικών, κατάφερε να «αποτινάξει» τα χρέη, να πάρει νέο ΑΦΜ και να κάνει μια νέα αρχή.
Ο Ηρακλής παράλληλα με την αθλητική του ιστορία, έχει δείξει και έντονη κοινωνική δράση. Πέρσι τα γενέθλια τα γιόρτασε ανοίγοντας τις εγκαταστάσεις του στους γιατρούς και τους νοσηλευτές του ΑΧΕΠΑ που έδιναν μάχη κόντρα στον κορωνοϊό. Φέτος που η πανδημία, μας ταλαιπωρεί ακόμη, ο σύλλογος πήρε την πρωτοβουλία για πραγματοποίηση εμβολιασμών στις εγκαταστάσεις του, ενώ για τα «προεόρτια» τα παιδιά του συλλόγου βρέθηκαν στους «Χορτατζήδες» και απόλαυσαν δράσεις και εκπλήξεις.
Το έμβλημα της ομάδας απεικονίζει τον Ηρακλή του Λύσιππου .Τα χρώματά του ο Ηρακλής(μπλε και άσπρο) τα δανείστηκε από την κυανόλευκη ελληνική σημαία, θέλοντας να δηλώσει την εθνικότητα των μελών του, στην σκλαβωμένη τότε Θεσσαλονίκη.
ΟΙ ΤΙΤΛΟΙ ΤΟΥ ΗΡΑΚΛΗ
Ποδόσφαιρο
1 Κύπελο(1976)
1 Βαλκανικό Κύπελο(1985)
Μπάσκετ Αντρών
2 Πρωταθλήματα (1928-1935)
Μπάσκετ Γυναικών
3 Πρωταθλήματα (1968-1971-1972)
Βόλεϊ
5 Πρωταθλήματα (2002-2005-2007-2008-2012)
6 Κύπελλα (2000-2002-2004-2005-2006-2012)
4 Σούπερ Καπ (2004-2005-2007-2008)
Στίβος
7 Διασυλλογικά Πρωταθλήματα (1955-1969-1973-1975-1976-1979-1986)
8 Πρωταθλήματα Αντρών Ανοιχτού στίβου (1955-1973-1975-1976-1979-1984-1985-1986)
1 Πρωτάθλημα Γυναικών Ανοιχτού Στίβου(1991)
1 Πρωτάθλημα Στίβου Αντρών Μαραθωνίου(1927)
3 Πρωταθλήματα Στίβου Γυναικών Μαραθωνίου(1990-1991-2006)
4 Πρωταθλήματα Ανωμάλου Δρόμου Αντρών(1949-1962-1969-1988)
2 Πρωταθλήματα Ανωμάλου Δρόμου Γυναικών (2006-2009)
Πάλη
17 Πρωτάθλημα Αντρών (1969-1972-1975-1980-1987-1991-1992- 2001-2002-2003-2004-2005-2006-2007-2008-2009-2010-2011)
7 Πρωταθλήματα (1979-1980-1981-1982-1983-1984-1985)
Ξιφασκία
1 Κύπελο Γυναικών(1982)
1 Πρωτάθλημα Αντρών(1983)
Ποδηλασία
1 Πρωτάθλημα Ποδηλασίας Δρόμου(1976)
