Ο Παναγόπουλος υπήρξε στο πλευρό του Γιάννη Αλαφούζου από την πρώτη ημέρα της εμπλοκής του στην «πράσινη» ΠΑΕ. Για την ακρίβεια είχε τον ρόλο του αντιπροέδρου και αποχώρησε τον Οκτώβριο του 2013. Στο «τριφύλλι» επιστρέφει μετά από «εντολή» του ισχυρού άνδρα του Παναθηναϊκού.
Ακόμα δεν έχει ξεκαθαρίσει ο ρόλος που θα έχει ο Παναγόπουλος στον Παναθηναϊκό, αλλά θεωρείται δεδομένο πως θα έχει πολύ σημαντικές αρμοδιότητες και αυξημένη εξουσία στην ΠΑΕ. Δεν αποκλείεται να πάρει ξανά και τον ρόλο του αντιπροέδρου. Ο Παναγόπουλος τις τελευταίες ημέρες βρίσκεται καθημερινά στα γραφεία της ΠΑΕ, έχει ενημερωθεί για όλα και επί της ουσίας έχει πιάσει ήδη δουλειά.
