Από τις τέσσερις φορές που έχει βρεθεί στην ιστορία του σε νοκ άουτ διπλές αναμετρήσεις και έχει πάρει τη νίκη με 1-0 στην έδρα του μόλις μία φορά έχει κερδίσει την πρόκριση. Ήταν τη σεζόν 1987-88 όταν ο Παναθηναϊκός είχε αποκλείσει τη Γιουβέντους στη φάση των «32» του κυπέλλου ΟΥΕΦΑ, την οποία κέρδισε 1-0 στη Λεωφόρο και έχασε 3-2 στο Κομουνάλε, παίρνοντας την πρόκριση για τους «16» της διοργάνωσης με τα εκτός έδρας γκολ (σ.σ. συνολικό σκορ 3-3).
1. 1996 - 1997, Ρόζενμποργκ- Παναθηναϊκός: 3-0 (Προκριματικά Chamopions League)
Όλοι πανηγυρίζουν μία ευνοϊκή κλήρωση του Παναθηναϊκού που τον φέρνει αντιμέτωπο με την άγνωστη τότε Ρόζενμοπργκ. Οι πρωταθλητές Νορβηγίας θα ηττηθούν με 1-0 από τον ΠΑΟ στην Ελλάδα μέσα στο ΟΑΚΑ. Στον επαναληπτικό τα πράγματα δεν θα πάνε πολύ καλά.
Ο Παναθηναϊκός θα πάει με τον αέρα του φαβορί στην Νορβηγία και εκεί θα γνωρίσει μία βαριά ήττα με 3-0. Οι «ξυλοκόποι» όπως ονόμαζαν τότε τους παίκτες της Ρόζενμποργκ θα πάρουν την πρόκριση και ο Παναθηναϊκός θα γυρίσει πίσω στην Παιανία ταπεινωμένος. Χαρακτηριστικό του μεγέθους της ταπείνωσης ήταν το πρωτοσέλιδο της «Αθλητικής Ηχούς» που έγραφε: «ΤΡΑΓΙΚΟΣ.Ο Παναθηναϊκός ρεζίλεψε τ' όνομά του στην Ευρώπη 3-0! Διασυρμός από μία ασήμαντη ομάδα, που το μόνο που ήξερε ήταν να τρέχει»
2. 2001 - 2002, Μπαρτσελόνα - Παναθηναϊκός: 3-1 (Προημιτελικά Champions League)
Ο Παναθηναϊκός είχε μπει με τόλμη μέσα στο Κάμπ Νόου και σκόραρε νωρίς απέναντι στο Ισπανικό μεγαθήριο που λέγεται Μπαρτσελόνα. Μετά όμως «κατέβασε διακόπτες» , σάστησε και δέχτηκε 3 γκολ. Αποκλείστηκε με το κεφάλι ψηλά και αποχαιρέτησε το Champions League της περιόδου 2001-2002. Ο Μιχάλης Κωνσταντίνου είχε βάλει μπροστά το τριφύλλι ενώ ο Λουίς Ενρίκε στο 23' ισοφάρισε και στο 49' έκανε το 2-1 για να έρθει ο Σαβιόλα στο 61' να κάνει το 3-1.
3. 2005 - 2006 , Σεβίλλη - Παναθηναϊκός: 2-0 (Επαναληπτικός αγώνας φάσης των 32 για το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ )
Μέσα στο καυτό Σάντσεθ Πιθχουάν ο Παναθηναϊκός δεν άντεξε και πληρώνοντας την απερίσκεπτη ενέργεια του Εζεκίελ Γκονζάλες, ο οποίος αποβλήθηκε με δεύτερη κίτρινη κάρτα στο 73', δέχτηκε δύο γκολ στο 82' (Mακουκούλα) και στις καθυστερήσεις του αγώνα (93') από τη Σεβίλλη, και με αυτό το 2-0 είπε, άδοξα, αντίο, στη συνέχεια του Κυπέλλου UEFA.
