Στη διαδικασία συμμετείχαν 11 από τις 12 ομάδες της Α΄ Κατηγορίας (δεν έλαβε μέρος η Δόξα 2016 η οποία έχει παραιτηθεί από όλες τις διοργανώσεις) καθώς και οι ομάδες που προκρίθηκαν από την 2η φάση. Οι αναμετρήσεις θα διεξαχθούν στις 26/03, πλην του αγώνα Μύκονος - ΠΑΟΚ, που θα διεξαχθεί στις 29/03.
Αναλυτικά τα ζευγάρια της φάσης των «16»:
- Νέες Ατρομήτου - Καστοριά
- Αχαρναϊκός - Κηφισιά
- Άρης - Παναθηναϊκός
- Αστέρας Τρίπολης - Θεώνη Τρίκαλα
- ΑΟ Ρέα - Αγία Παρασκευή
- Μύκονος - ΠΑΟΚ
- ΑΣ Τριάντων Ιαλυσού - ΟΦΗ
* Στην επόμενη φάση προκρίθηκε άνευ αγώνος η ομάδα της ΑΕΚ
